Десятиклассник Кайто Даймон — типичный хулиганистый гений, в жизни его интересуют не академические успехи, а лишь решение загадок и головоломок. Кайто вовсе бы не ходил в школу, да мешает подруга детства Ноноха Ито — спортивная и энергичная девчонка, взвалившая на себя всю тяжесть забот о «непутевом». Впрочем, академия «Квадратный корень» сама по себе странная — в ней полно любителей паззлов, а Содзи Дзикукава, президент школьного Совета и клуба головоломок, сумел озадачить самого Даймона. Взяв парня «на слабо», коварный Содзи отправил его в смертельный лабиринт, пройдя который с помощью Нонохи, Кайто получил «контракт Орфея» — устройство, позволяющее на полную мощь использовать возможности мозга под названием «фи брэйн».
Теперь Кайто — один из Решателей, немногих избранных, способных справиться с кознями всемирной тайной организации, изобретающей все новые неразрешимые загадки. Под боевым псевдонимом Эйнштейн и в компании с верной Нонохой (куда от нее денешься?) главный герой начинает жизнь в среде, где не признают громких слов и дутых авторитетов. Положение в иерархии Решателей надо завоевывать и доказывать делом, щелкая, как орешки, все новые задачки и приближаясь к «мистерии Бога». А зачем все это нужно директору школы и зловещей мировой закулисе — пожалуй, самая главная загадка сериала!